classificatie van levende organismen wordt taxonomie genoemd en heeft tot doel levende organismen te classificeren door ze te differentiëren en relaties tussen groepen organismen tot stand te brengen.het koninkrijk van levende organismen werd in 1978 door Carl R. Woese aangeduid als domein.De organismen worden gegroepeerd in drie domeinsystemen namelijk eukarya, archaea en bacteriën, hoofdzakelijk op basis van celtype. Anders dan het celtype, verschillen in rRNA, verschillen de drie domeinen in membraanlipidestructuur, de molecules van overdrachtrna, en de gevoeligheid aan antibiotica verklaren ook voor classificatie van organismen.

• De Domeinbacteriën omvatten alle pathogene en niet-pathogene prokaryoten die een celwand hebben die bestaat uit peptidoglycaan en muraminezuur. Zij hebben ook membraanlipiden met ester-verbonden, recht-geketende vetzuren die op eukaryotic membraanlipiden lijken. De bacteriën hebben ook plasmiden, die kleine, dubbelstrengs Dnamoleculen zijn die extrachromosomal zijn.
• Domeinarchaea omvat drie belangrijke groepen, namelijk methanogenen, extreme halofielen en hyperthermofielen. Ze hebben geen muraminezuur in de celwanden.
• Eukarya omvat de eukaryotische organismen als dieren, planten, schimmels en protisten en hebben een gedefinieerde kern-en membraangebonden organellen

Het taxonomische classificatieschema voor prokaryoten is uitgewerkt in Bergey ‘ s Manual of Systematic Bacteriology, waarin de classificatie van prokaryoten in twee domeinen wordt beschreven: bacteriën en archaea.

verdere indeling van het domein is als volgt-

• domein
• Koninkrijk
• Phyla
• Klasse
• orde
• familie
• Genus
• soorten

de binomiale (wetenschappelijke) nomenclatuur kent elke microbe toe 2 Namen – genus – zelfstandig naamwoord, altijd met hoofdletters en soorten – adjectief kleine letters. Beide zijn cursief of onderstreept geschreven. Ex. Staphylococcus aureus (S. aureus), Escherichia coli (E. coli)

De basis taxonomische groep in de microbiële taxonomie is de soort. Taxonomisten die met hogere organismen werken, definiëren hun soort anders dan microbiolo – gists. Prokaryotische soorten worden gekenmerkt door verschillen in hun fenotype engenotype. Fenotype is de verzameling van zichtbare kenmerken en het gedrag van een micro-organisme. Genotype is de genetische samenstelling van een micro-organisme

Bergey ‘ s Manual provides classification scheme for bacteria as well as a reference for identification of different bacteria in the laboratory. Volgens Bergey ‘ s manual of determinative bacteriology, worden de bacteriën geïdentificeerd op basis van morfologische kenmerken kleuring, biochemische tests, serologie, G-C gehalte, DNA-probenen verschillende moleculaire tests. Naast de eigenschappen vermeld in Bergey ‘ s, is de bron en habitat van micro-organismen ook belangrijk om te overwegen bij het identificeren van micro-organismen.

punten om te onthouden:

1. taxonomie is de wetenschap die zich bezighoudt met de indeling van levende organismen op basis van kenmerken die vergelijkbaar zijn met en verschillen van andere organismen en die relaties tussen groepen organismen tot stand brengen.
2. alle levende organismen zijn gegroepeerd in drie domeinsystemen, namelijk eukarya, archaea en bacteriën, voornamelijk op basis van celtype.
3. het taxonomische classificatieschema voor prokaryoten is uitgewerkt in Bergey ‘ s Manual of Systematic Bacteriology, volgens welke de prokaryoten worden onderverdeeld in twee domeinen: bacteriën en Archaea