toisen maailmansodan jälkeen perustetun Yhdistyneiden Kansakuntien trusteeship-järjestelmän mukaan ranskalaisten velvollisuus oli siirtää Togoa kohti itsehallintoa. Paikallislippu otettiin käyttöön vuonna 1956, hieman ennen kuin maasta tehtiin autonominen tasavalta Ranskan unionissa. Lipun vihreä tausta edusti maataloutta, toivoa ja nuoruutta; Ranskan trikolori ylemmässä nostokulmassa oli muistutus Ranskan yliherruudesta. Kaksi keltaista viisisakaraista tähteä, jotka oli aseteltu kuvitteelliselle viistoviivalle, joka kulki Alahärmästä ylähärmään, viittasivat etelän rannikkotasankoihin ja pohjoisen savanneihin, ”joita yhdisti rakkaus järjestykseen ja työhön.”

Huhtikuuta 1960 Togo itsenäistyi täysin uuden lipun alla; se pienensi kaksi tähteä yhdeksi korostaakseen kansallista yhtenäisyyttä. Lipun viisi vihreää ja keltaista raitaa vastaavat maan hallinnollisia alueita, kun taas nämä värit muistuttavat siitä, että väestön ylivoimainen enemmistö on riippuvainen maasta elatuksensa (vihreä) ja omasta kehitystyöstään (keltainen). Punaisen kantonin sanotaan edustavan rakkautta, uskollisuutta ja hyväntekeväisyyttä, kun taas valkoinen tähti yhdistetään puhtauteen. Samat yleisafrikkalaiset puna-kelta-vihreät värit valittiin useissa muissakin maissa, jotka itsenäistyivät pian ennen Togoa tai sen jälkeen.