nykyisen Kansas Cityn alkuperä Missourissa juontaa juurensa 1830-luvulle, jolloin John McCoy perusti Westportin siirtokunnan nykyisen Westport Roadin ja Pennsylvania Avenuen kohdalle. McCoy valitsi tämän alueen perustaakseen varustelumyymälän Santa Fen reitin pioneereille. Tämän jälkeen hän perusti jokilaivan, joka rantautui bluffsiin Missouri-joen mutkaan, vain kolme kilometriä asutuksestaan pohjoiseen. Tämä Westportin maihinnousu liittyi Westportin asuttamiseen maanteitse ja herätti alueen kehitystä.

14 sijoittajan ryhmä, mukaan lukien McCoy, perusti vuonna 1838 Kaupunkiyhtiön ostaakseen tontteja joen varrelta. Tähän alueeseen kuului Westport Landing ja vuonna 1850 se liitettiin Kansasin kaupungiksi. Kaupungin perustajat saivat nimensä Kansas-intiaanien mukaan nimetystä Kansas-eli Kaw-joesta. Missourin osavaltio liitti alueen Kansasin kaupungiksi vuonna 1853 ja nimesi sen Kansas Cityksi vuonna 1889. John McCoyn siirtokunta, Westportin vanhakaupunki, liitettiin Kansas Cityyn Missourissa 2. joulukuuta 1897.

tänä aikana joen toiselle puolelle Kansasin puolelle Wyandotten piirikuntaan kehittyi muita asutuskeskuksia. Osa näistä pikkukaupungeista liitettiin Kansas Cityyn Kansasissa vuonna 1872. Nimeämällä kaupungin Missourin puolella osavaltion rajaa kasvavan kaupungin mukaan Kansasin kaupunginjohtajat pystyivät hyödyntämään Missourissa sijaitsevan Kansas Cityn menestystä. On myös mahdollista, että wyandotten piirikunnan asukkaat kokivat, että heillä oli enemmän oikeutta nimeen ”Kansas City” kuin Missourin asukkailla oli.

nykyään Kansas City, Kansas, ja Kansas City, Missouri, ovat edelleen kaksi erikseen liitettyä kaupunkia, mutta yhdessä useiden muiden kaupunkien ja esikaupunkien kanssa osa Kansas Cityn metropolialuetta.