elävien organismien luokittelua kutsutaan taksonomiaksi, ja siinä pyritään luokittelemaan eläviä organismeja erottelemalla ne toisistaan ja luomalla eliöryhmien välisiä suhteita.

elävien organismien kuningaskunnan nimitti domainiksi Carl R. Woese vuonna 1978.Eliöt on ryhmitelty kolmeen alajärjestelmään, eukaryaan, arkaaiaan ja bakteereihin, pääasiassa solutyypin perusteella. Solutyypin lisäksi erot rRNA: ssa, kolme domeenia eroavat toisistaan kalvon lipidirakenteessa, siirtäjä-RNA-molekyyleissä ja herkkyydessä antibiooteille selittävät myös eliöiden luokittelua.

• domeenin bakteereihin kuuluvat kaikki patogeeniset ja ei-patogeeniset prokaryotestit, joiden soluseinä koostuu peptidoglykaanista ja muraamihaposta. Niillä on myös kalvolipidejä, joissa on esteröityjä, suoraketjuisia rasvahappoja, jotka muistuttavat eukaryoottisia kalvolipidejä. Bakteereilla on myös plasmideja, jotka ovat pieniä, kaksisäikeisiä dnamolekyylejä, jotka ovat ekstrakromosomaalisia.
• Domain archaea sisältää kolme pääryhmää: metanogeenit, äärihalofiilit ja hypertermofiilit. Soluseinistä puuttuu muraamihappoa.
• Eukaryaan kuuluvat eukaryoottiset eliöt eläimet, kasvit, sienet ja protistit, ja niillä on määritelty tumaan ja kalvoon sidottu organelli

prokaryoottien taksonominen luokittelujärjestelmä on laadittu Bergeyn ”Manual of Systematic Bakteriology” – Käsikirjassa, jossa kuvataan prokaryoottien luokittelua kahteen osa-alueeseen: bakteereihin ja archaea.

domain

suku

binominen (tieteellinen) nimikkeistö antaa kullekin mikrobille 2 nimeä-suku – substantiivi, aina isolla ja laji – adjektiivi, pienet kirjaimet. Molemmat ovat kursivoituja tai alleviivattuja. Ex. Staphylococcus aureus (S. aureus), Escherichia coli (E. coli)

mikrobien taksonomian perustaksonominen ryhmä ovat lajit. Korkeampien eliöiden kanssa työskentelevät taksonomit määrittelevät lajinsa eri tavalla kuin mikrobiologit. Prokaryoottisille lajeille on tyypillistä niiden fenotyypin ja genotyypin erot. Fenotyyppi on mikro-organismin näkyvien ominaisuuksien ja käyttäytymisen kokoelma. Genotyyppi on mikro-organismin geneettinen koostumus

Bergeyn Käsikirjassa esitetään bakteerien luokittelujärjestelmä sekä viittaus eri bakteerien tunnistamiseen laboratorio. Bergey ’ s manual of determinative bakteriology-käsikirjan mukaan bakteerit tunnistetaan morfologisten ominaisuuksien värjäyksen, biokemiallisten testien, serologian, G-C-pitoisuuden, DNA-koettimien ja erilaisten molekyylitestien perusteella. Bergeyn listaamien ominaisuuksien lisäksi mikro-organismien alkuperä ja elinympäristö on myös tärkeää ottaa huomioon mikro-organismien tunnistamisessa.

muistettavia kohtia:

1. taksonomia on tiede, joka käsittelee eliöiden luokittelua muiden eliöiden kanssa samankaltaisten ja niistä poikkeavien ominaisuuksien perusteella ja eliöryhmien välisten suhteiden luomista.
2. kaikki elävät organismit ryhmitellään kolmeen alajärjestelmään, eukaryaan, arkaaiaan ja bakteereihin, pääasiassa solutyypin perusteella.
3. prokaryoottien taksonominen luokittelujärjestelmä on laadittu Bergeyn teoksessa Manual of Systematic Bakteriology, jonka mukaan prokaryootit jaetaan kahteen osa-alueeseen: bakteerit ja Arkaaiat