endoskooppisessa seurannassa ja ruoansulatuskanavan sairauden hoidossa on tärkeää, että potilaat hyväksyvät toistuvan tutkimuksen. Ne ovat epätodennäköisempiä, jos toimenpide muistetaan ahdistavana tai epämiellyttävänä, kuten on todennäköistä, jos se tehdään pelkässä paikallispuudutuksessa. Tietoisen rauhoittamisen tavoitteena on kevyesti rauhoitettu potilas, joka on hereillä, yhteistyöhaluinen pyynnöstä, muistinmenetys ja vapaa ahdistuksesta ja pelosta. Näiden kriteerien täyttämiseen voidaan käyttää erilaisia lääkkeitä pieninä annoksina. Näitä ovat muun muassa fentiatsiinit, butyrofenonit, barbituraatti-ja ei-barbituraattiunilääkkeet, bentsodiatsepiinit ja hypo-analgeetti, ketamiini. Koska bentsodiatsepiinit tarjoavat sekä rauhoittavia että syviä muistinmenetyksiä ja anksiolyyttisiä vaikutuksia, näitä lääkkeitä käytetään tietoisessa sedaatiossa maailmanlaajuisesti. Diatsepaami on ollut sedaation ”kultakanta”, mutta nykyaikaisemmat bentsodiatsepiinit, erityisesti midatsolaami, ovat nykyään yleisempiä. Yleensä bentsodiatsepiineilla on laaja terapeuttinen alue. Annoksen mukaan rauhoittavat lääkkeet voivat kuitenkin aiheuttaa sivuvaikutuksia, kuten uneliaisuutta, verenpaineen laskua ja hengityslamaa. Lisäksi jotkut voivat aiheuttaa laajempia haittavaikutuksia, kuten histamiinin vapautumista ja anafylaktisia reaktioita, tromboflebiittia ja kipua injektiossa. Niillä voi olla vakavia yhteisvaikutuksia käytettäessä niitä yhdessä paikallisanesteettien, unilääkkeiden ja opioidien kanssa. Iäkkäillä potilailla sedaatio edellyttää pienempiä annoksia. Rauhoittavia lääkkeitä tulee antaa hitaasti, jotta vältetään hemodynaamiset ja hengitystieoireet.