Alkemisti seuraa andalusialaisen paimenpojan Santiagon matkaa. Hän uskoo toistuvan unen olevan profeetallinen ja kysyy läheisessä kaupungissa asuvalta Mustalaisennustajalta sen merkityksestä. Nainen tulkitsee unen ennustukseksi, jossa poika kertoo löytävänsä aarteen Egyptin pyramideilta.

matkansa alkuvaiheessa hän tapaa vanhan kuninkaan nimeltä Melkisedek eli Saalemin kuningas, joka käskee häntä myymään lampaansa, jotta voisi matkustaa Egyptiin, ja esittelee ajatuksen henkilökohtaisesta legendasta. Henkilökohtainen legendasi ” on se, mitä olet aina halunnut saavuttaa. Jokainen tietää nuorena Oman legendansa.”

varhain saavuttuaan Afrikkaan mies, joka väittää pystyvänsä viemään Santiagon pyramideille sen sijaan riistää häneltä rahat, jotka hän oli saanut myymällä lampaitaan. Tämän jälkeen Santiago lähtee pitkälle polulle työskennelläkseen kristallikauppiaalle, jotta hän saisi tarpeeksi rahaa täyttääkseen henkilökohtaisen legendansa ja päästäkseen pyramideille.

matkan varrella poika tapaa englantilaisen, joka on tullut etsimään alkemistia ja jatkaa matkaansa uuden toverinsa kanssa. Saavuttuaan keitaalle Santiago tapaa ja rakastuu arabialaiseen Fatima-tyttöön, jolle hän ehdottaa avioliittoa. Hän lupaa tehdä niin vasta, kun mies on päättänyt matkansa. Aluksi turhautuneena hän saa myöhemmin tietää, että tosi rakkaus ei pysähdy eikä ihmisen tarvitse uhrata sille omaa kohtaloaan, koska sen tekeminen riistää siltä totuuden.

tämän jälkeen poika kohtaa viisaan alkemistin, joka myös opettaa häntä toteuttamaan todellisen minänsä. Yhdessä he riskeeraavat matkan sotivien heimojen alueen läpi, jossa poika pakotetaan osoittamaan ykseytensä ”maailman sielun” kanssa muuttamalla itsensä simoomiksi ennen kuin hänen annetaan jatkaa matkaa. Kun hän alkaa kaivaa näköetäisyydellä pyramidit, hän ryöstetään jälleen, mutta vahingossa saa tietää johtaja varkaiden että aarre hän etsinyt koko ajan oli raunioitunut kirkko, jossa hän oli hänen alkuperäinen unelma.