Konfokální laserové skenovací fluorescenční mikroskopie (konfokální pro krátké) je možné podívat se na různé průřezy tlustý vzorek, aniž by ve skutečnosti řezání vzorku. To je zvláště užitečné při pohledu na biologické procesy v živé tkáni, protože může fungovat i nadále během experimentu s mikroskopem. Pohyb mitochondrií kolem buněk, mitóza a změna délky primárních řasinek jsou všechny procesy, které jsou vhodné pro být viděn na konfokální.

Confocal je také vhodný pro identifikaci specifických složek (jako jsou organely nebo proteiny) ve studované buňce nebo tkáni. Komponenty jsou označeny fluorescenčními značkami, poté na vzorek svítí laserové světlo. Fluorescenční molekuly jasně září (a vše ostatní zůstává tmavé), takže jsou snadno viditelné.

polarizovaná světelná mikroskopie nám pomáhá dozvědět se o minerálech (jako jsou minerály v horninách) ve vzorku. Různé minerály se v polarizovaném světle zobrazují jako různé barvy (světelné vlny, které vibrují pouze jedním směrem), takže polarizační mikroskopy používají speciální filtry k polarizaci světla, které svítí na vzorku. Pohled na minerály pomocí polarizačního mikroskopu může poskytnout informace o jejich tvaru, velikosti a orientaci.