Klasifikace živých organismů se označuje jako taxonomie a klade si za cíl klasifikovat živé organismy tím, že je rozlišovat a vytváření vztahů mezi skupinami organismů.

království živých organismů označil Carl R.Woese v roce 1978 jako doménu.Organismy jsou seskupeny do tří doménových systémů, jmenovitě eukarya, archaea a bakterie, především na základě typu buněk. Jiné než buněčný typ, rozdíly v rRNA, tři domény se liší v membránové lipidové struktuře, molekuly přenosu RNA, a citlivost na antibiotika také představují klasifikaci organismů.

• doménové bakterie zahrnují všechny patogenní a nepatogenní prokaryotymají buněčnou stěnu složenou z peptidoglykanu a kyseliny muramové. Mají také membránové lipidy s ester-spojeno, přímo řetězcem mastných kyselin, které se podobají eukaryotické membránové lipidy. Bakterie mají také plazmidy, které jsou malé, dvouvláknové Dnamolekuly, které jsou extrachromozomální.
• doména archaea zahrnuje tři hlavní skupiny, jmenovitě methanogeny, extrémní halofily a hypertermofily. Chybí jim kyselina muramová v buněčných stěnách.
• Eukarya zahrnuje eukaryotní organismsas zvířata, rostliny, houby, a protistsand mít definované jádra a membránové organely.

taxonomický klasifikační systém pro prokaryot je zpracována v Bergey ‚ s Manual of Systematic Bacteriology, který popisuje klasifikaci prokaryot na dvě domény: Bakterie a Archea.

Další klasifikace je doména takto-

• Doména
• Království
• Oddělení
• Třída
• Objednávky
• Rodina
• Rod
• Druhy

binomické (vědecký) nomenklatura přiřadí každý mikrob 2 jména – Rod, podstatné jméno, a to vždy velkými písmeny a druhů – jméno, přídavné jméno, malými písmeny. Oba jsou psány kurzívou nebo podtrženy. Např. Staphylococcus aureus (s. aureus), Escherichia coli (E. coli)

základní taxonomickou skupinou v mikrobiální taxonomii je druh. Taxonomové pracující s vyššími organismy definují svůj druh odlišně než mikrobiologové. Prokaryotické druhy jsou charakterizovány rozdíly v jejich fenotypu agenotyp. Fenotyp je sbírka viditelných charakteristik a chování mikroorganismu. Genotyp je genetická tvoří mikroorganismu

Bergey ‚ s Manual poskytuje klasifikační systém pro bakterie, stejně jako reference pro identifikaci různých bakterií v laboratoři. Podle Bergey ‚ s manual of směrodatné bakteriologie, bakterie jsou identifikovány na základě morfologických charakteristik barvení, biochemické testy, sérologie, G-C obsah DNA probesand různých molekulárních testů. Kromě vlastností uvedených v Bergey ‚ s je při identifikaci mikroorganismů také důležité vzít v úvahu zdroj a stanoviště mikroorganismů.

Body k zapamatování:

1. Taxonomie je věda, která se zabývá classificationof živých organismů na základě vlastností, které jsou podobné a liší se od jiných organismsand vytváření vztahů mezi skupinami organismů.
2. všechny živé organismy jsou seskupeny do tří doménových systémů, a to eukarya, archaea a bakterie, především na základě typu buněk.
3. taxonomický klasifikační systém pro prokaryot je zpracována v Bergey ‚ s Manual of Systematic Bacteriology, podle nichž prokaryot jsou rozděleny do dvou domén: Bakterie a Archea