Estrogen hraje důležitou roli v růstu a zrání kostí, stejně jako v regulaci kostního obratu v dospělé kosti. Během růstu kostí je estrogen potřebný pro správné uzavření epifýzových růstových destiček jak u žen, tak u mužů. Také u mladých kosterních estrogenů vede nedostatek ke zvýšené tvorbě osteoklastů a zvýšené resorpci kostí. V menopauze nedostatek estrogenu indukuje spongiózní i kortikální úbytek kostní hmoty. Vysoce zvýšené resorpce kosti na spongiózní kost vede k obecné ztrátě kostní hmoty a ničení místní architektury, protože razantní resorpce a mikrofraktur. V kortikální kosti je první odpovědí na stažení estrogenu zvýšená endokortikální resorpce. Později se také zvyšuje intrakortikální pórovitost. Ty vedou ke snížení kostní hmoty, narušené architektuře a snížené pevnosti kostí. Na buněčné úrovni v kostech estrogen inhibuje diferenciaci osteoklastů, čímž se snižuje jejich počet a snižuje se množství aktivních remodelačních jednotek. Tento účinek je pravděpodobně zprostředkován některými cytokiny, IL-1 a IL-6 jsou nejsilnějšími kandidáty. Estrogen reguluje expresi IL-6 v buňkách kostní dřeně dosud neznámým mechanismem. Stále není jisté, zda jsou účinky estrogenu na osteoblasty přímé nebo jsou způsobeny spojovacím jevem mezi tvorbou kostí a resorpcí.