Milán a pět dalších měst vydržel a v říjnu 1238 musel zvýšit obléhání Brescie. Ve stejném roce manželství Fridricha přírodní syn Enzio s Sardinská princezna Adelasia a označení Enzio jako král Sardinie, v níž papežství tvrdila svrchovanost, vedlo ke konečnému rozchodu s papežem. Gregory IX hluboce nedůvěřoval Frederickovi v náboženských i politických záležitostech: Frederick měl ještěd, že Mojžíš, Kristus a Mohamed byli tři podvodníci, kteří se sami stali oklamal, a v politické aréně papež byl strach, že Papežské Státy byly o izolaci a obklíčení, zejména proto, že pro-císařská strana byla založena v Římě. Pod záminkou, že ho císař zamýšlel vyhnat z Říma, Gregory podruhé exkomunikoval Fridricha na Květnou neděli 20. března 1239. To byl začátek poslední fáze gigantického boje mezi papežstvím a říší; skončilo to smrtí císaře a pádem jeho domu.

Frederick kontroval exkomunikace s řadou významných manifesty, většina z nich se skládá Pietro della Vigna, člen říšské kancléřství, který měl vynikající literární dárky. Manifest zdůraznil, že kardinálové se měli podílet na vedení církve a Frederick se dokonce pokusil vyvolat solidaritu mezi světskými knížaty. Rovněž však zintenzivnil své vojenské aktivity v severní Itálii. Za účelem financování jeho neustále rostoucí potřebu zbraní, zavedl důkladné správní reorganizace císařské Itálii (mimo jiné, vytvoření 10 vice regencies) a Království Sicílie. Kromě toho nařídil přísný dohled nad obyvatelstvem. Ve střední Itálii vzal útok, obsazení Března Ancona a Vévodství Spoleto a v únoru 1240 jeho armáda pochodovala do Papežské Státy a ohrožoval Řím. Na poslední chvíli si však papež získal podporu Římanů.

Po porážce Janovské flotily přináší delegátů pro papežské rady do Říma, více než 100 vysoce postavených ecclesiastics—kardinálové a biskupové, mezi nimi—byla přijata jako Frederick vězňů do Apulie. Toto vojenské vítězství se však ukázalo jako politická nevýhoda: poskytlo materiál pro propagandu zobrazující Fredericka jako utlačovatele církve.

zatímco ještě ležel před Římem, Frederick obdržel zprávu o smrti papeže Řehoře a poté se stáhl na Sicílii. Mezitím Mongolové napadli Evropu. Byly dočasně zastaveny v extrémně krvavou Bitvu z Liegnitz ve Slezsku 9. dubna 1241, ale nejspíš jen náhlá smrt jejich vůdce, velkého chána Ögödei, zabránit Mongol další pokrok v té době.

po krátkém pontifikátu Celestina IV. následovalo dlouhé interregnum. Když byl v roce 1243 zvolen Innocent IV, Frederick na naléhání německých knížat a francouzského krále Ludvíka IX. zahájil jednání s novým papežem. Dohoda mezi papežem a císařem se zdála být blízká evakuaci papežských států, když v červnu 1244 Innocent uprchl z města. V Lyonu svolal koncil na rok 1245 a v červenci téhož roku císaře sesadil, překážkou smíření byl zřejmě status lombardských obcí.

bitva mezi císařem a papežstvím pak zuřila v plné zuřivosti. Na Papežské straně byl císař označen za předchůdce Antikrista; na císařské straně byl oslavován jako Mesiáš. Císař podporoval současné poptávky, které církve návrat k chudobě a saintliness rané Křesťanské společenství a znovu se obrátil k princi z Evropy, aby se připojili v obranné ligy proti napájení-hladový prelátů. Většina knížat však zůstala neutrální, a ačkoli dva po sobě jdoucí německé antikingy získaly malou podporu, císař v Německu neustále ztrácel půdu.

V Květnu 1247 Frederick plánuje cestu do ženevy, aby se hájit svůj případ, než papežské rady byla přerušena vzpoura strategicky umístěné město Parma. V důsledku tohoto debaklu byla velká část střední Itálie a Romagna ztracena. Následující rok měl císař utrpět další rány osudu; Pietro della Vigna, po mnoho let císařův důvěrník, byl obviněn ze zrady a ve vězení spáchal sebevraždu. V květnu 1249 byl král Enzio ze Sardinie, Frederickův oblíbený syn, zajat Boloňskými a byl uvězněn až do své smrti v roce 1272.

postavení císaře jak v Itálii, tak-díky úsilí Jeho Syna Konráda IV – v Německu, se zlepšovalo, když nečekaně zemřel v roce 1250. Byl pohřben v katedrále v Palermu poblíž své první manželky, jeho rodičů a normanského dědečka.

Když byla zveřejněna zpráva o jeho smrti, celá Evropa byla hluboce otřesena. Vznikly pochybnosti, že byl opravdu mrtvý; false Fredericks se objevil všude, na Sicílii legenda rostl, že byl dopravena do sopky Aetna; v Německu to byl encapsuled na hory a vrátí se jako pozdější císař k potrestání světské církve a klidně obnovil Svaté Říše Římské. Přesto se předpokládalo, že bude žít dál ve svých dědicech. Ve skutečnosti však do 22 let po jeho smrti byli všichni mrtví: oběti bitvy s papežstvím, kterou začal jejich otec.